1.    Liên hiệp có bộ máy điều hành trực tiếp : Tổng giám đốc, Phó Tổng giám đốc phụ trách kỹ thuật, Phó Tổng giám đốc phụ trách kinh doanh, Kế toán trưởng, Trưởng phòng thí nghiệm. Việc bổ nhiệm và bãi nhiệm lãnh đạo Liên hiệp được thực hiện theo quyết định của Đoàn Chủ tịch Tổng Hội Địa chất Việt Nam .
2.    Bộ máy giúp việc lãnh đạo là các Phòng, ban chức năng, văn phòng Liên hiệp theo nguyên tắc gọn, nhẹ, hiệu quả bao gồm :
-    Phòng Kế hoạch – hồ  sơ
-    Phòng Tổ chức hành chính
-    Phòng Kế toán – tài chính
-    Phòng Thí nghiệm Vật liệu và Kiểm định
3.    Bộ máy điều hành gián tiếp : là các cố vấn, chuyên gia thuộc các lĩnh vực chuyên môn và quản lý, được tham vấn ý kiến thường xuyên về các vấn đề liên quan đến hoạt động của Liên hiệp, có thâm niên công tác lâu năm trong các lĩnh vực hoạt động nêu trên .
4.    Đội ngũ cộng tác viên được hình thành theo từng chuyên ngành, được huy động bổ sung theo các nhiệm vụ cụ thể trong từng thời kỳ hoạt động của Liên hiệp
5.    Tùy theo sự phát triển, Liên hiệp có các phòng nghiên cứu thí nghiệm, xưởng chế biến, đội khảo sát, thăm dò, khai thác khoáng sản...